Kitô giáo đến với Nhật Bản nhờ các nhà truyền giáo Bồ Đào Nha, các nhà thám hiểm, và đặc biệt là các linh mục dòng Tên, chẳng hạn như Thánh Phanxicô Xaviê. Người Công Giáo đã thành lập nên thành phố Nagasaki, có thời được xem là trung tâm Kitô giáo quan trọng nhất ở vùng Viễn Đông. Đó là nơi xuất phát các đoàn truyền giáo đến toàn vùng Đông Á và Đông Nam Á.

Nhật Bản là đất nước đã có đến 434 vị tử đạo đã được tuyên phong, và hàng trăm ngàn các vị tử đạo chưa được biết đến; nhưng giờ đây 99% dân số là vô thần. Sau thế chiến thứ hai, đứng trước những tàn phá kinh hoàng của chiến tranh, chủ nghĩa hiện sinh phát triển rất mạnh.

Trong bối cảnh đó, đạo thánh Chúa không phát triển tại quốc gia này. Số tín hữu Công Giáo tại Nhật chỉ có 450 ngàn người, tương đương với 0.36% trong tổng dân số 120 triệu người. Các cuộc trở lại Công Giáo rất hiếm và cộng đoàn tại đây có nguy cơ tàn lụi. Trong năm 2016, chỉ có 1 người trẻ gia nhập chủng viện. Trong số 1,800 Linh Mục đang hoạt động tại Nhật, có 519 vị tức là gần 1 phần 3 là người nước ngoài. Cả nước có 13 giáo phận và 3 tổng giáo phận.

Khác với quốc gia lân bang là Nam Hàn, ý thức về nghĩa vụ truyền giáo tại Nhật không cao và có nhiều điều lấn cấn. Trong những năm qua, Hội Ðồng Giám Mục Nhật Bản đã phản đối và cấm một số phong trào đã được Tòa Thánh chấp nhận, như Con đường Tân Dự Tòng, vì cho rằng các thành viên phong trào này quá hăng hái hoạt động truyền giáo, không hợp với tinh thần văn hóa của Nhật.

Chính vì thế, Đức Thánh Cha đã cử Ðức Hồng Y Fernando Filoni, Tổng trưởng Bộ Truyền Giảng Tin Mừng Cho Các Dân Tộc, thực hiện một cuộc viếng thăm Giáo Hội tại Nhật bản trong 9 ngày, từ 17 đến 26 tháng 9 năm 2017.

Trong diễn từ hôm thứ Ba 21 tháng 9 tại Nagasaki, Đức Hồng Y Filoni đã có một bài diễn văn trước các Giám Mục, linh mục, nam nữ tu sĩ và chủng sinh của tổng giáo phận Nagasaki.

Mở đầu, Đức Hồng Y nói Giáo Hội Nhật Bản, cần phải “tiếp tục sứ vụ truyền giáo cho những người không phải Kitô hữu”. “Anh chị em, các linh mục, nam nữ tu sĩ và giáo dân phải đặt vào mắt những người không phải Kitô hữu bản sắc của Chúa Giêsu qua cuộc sống của chính anh chị em. Anh chị em phải tiếp cận họ với sự kiên nhẫn và tình bạn và phải cảm nghiệm với lòng biết ơn rằng các hoạt động tông đồ như vậy là các công việc được thực hiện bởi Ân Sủng, nghĩa là từ Thiên Chúa”.

Đức Hồng Y đặc biệt nhấn mạnh tính chất khẩn cấp phải thực hiện sứ mệnh truyền giáo của Giáo hội trong giai đoạn này của đất nước, khi tất cả mọi niềm tin tôn giáo đang phôi pha nhanh chóng trong xã hội hiện sinh Nhật Bản.

Trích dẫn Thánh Phaolô Tông Đồ, Đức Hồng Y nhận xét rằng căn tính Kitô dường như chẳng mấy khi tương hợp với nền văn hóa được xiển dương trong xã hội. Ngay cả ở Nhật Bản, những bách hại kinh hoàng trước đây cho thấy “việc sống các đòi buộc của Tin Mừng là một thách đố, bởi vì điều này không phải lúc nào cũng phù hợp với một nền văn hoá trong đó người ta ưa chuộng sự thống nhất và hài hòa”. Các phản ứng tương tự cũng đã từng xảy ra “ở Giêrusalem, cũng như ở Rôma và Hy Lạp vào thời các thánh Tông Đồ, và không chỉ trong những năm đầu của Giáo Hội”, bởi vì “đức tin nơi Đức Kitô luôn luôn bị coi, trong mọi xã hội truyền thống, như một ‘cuộc cách mạng’”.

Bất kể những đe doạ và sự phản đối của những người coi Kitô giáo là “một yếu tố ngoại lai đe dọa sự hòa hợp của xã hội”, sứ vụ truyền giáo đối với các tín hữu Kitô phải “là một niềm đam mê, nó giống như một tình yêu áp đảo. Bạn không thể kiểm soát nó, nó chi phối cả cuộc đời bạn. Không có lý trí nào, làm dịu lại hay giết chết được nhiệt tình này”